一、苔藓分子生物学的一些进展（论文文献综述）
郑超[1]（2021）在《库布齐沙地生物土壤结皮中好氧甲烷氧化菌群落结构和多样性分析》文中研究表明甲烷等温室气体大量排放加剧了全球暖化和土壤荒漠化,严重阻碍了世界经济和社会的可持续发展,已然成为全球生态环境的主要问题。作为荒漠生态系统的典型景观,生物土壤结皮（Biological soil crusts,BSCs）广泛分布于世界各地的干旱和半干旱环境中。土壤中的甲烷氧化菌是目前已知的大气甲烷的唯一生物汇,影响着土壤甲烷的净排放。土壤团聚体是土壤形成和发育的基础,不同粒径团聚体所含微生物群落结构和功能往往有较大差异。但荒漠BSCs甲烷氧化研究主要集中在环境要素的耦合分析,对BSCs及其不同粒径团聚体中好氧甲烷氧化菌群落结构和多样性等相关研究目前尚较缺乏。本研究以库布齐沙地为例,该沙地东缘主要有蓝藻和苔藓两种类型BSCs,利用Illumina Nova Seq测序平台进行宏基因组测序,比较分析蓝藻结皮与苔藓结皮不同粒径团聚体中好氧甲烷氧化菌的多样性和群落结构,同时以室内模拟原位BSCs培养进行甲烷氧化能力测定,并结合土壤土壤理化性质进行相关性分析。研究结果和结论如下:（1）土壤理化性质:库布齐沙地的蓝藻与苔藓结皮p H值范围7.25-8.25之间、偏弱碱性,除硝态氮（NO3--N）含量是蓝藻结皮（6.96 mg/kg）略高于苔藓结皮（4.19mg/kg）以外,苔藓结皮的总氮（TN）、铵态氮（NH4+-N）、可溶性有机碳（DOC）、总有机碳（TOC）、微生物量氮（MBN）和微生物量碳（MBC）含量均高于蓝藻结皮;在蓝藻和苔藓结皮的不同粒径团聚体中,所有检测的营养物水平由高到低依次为>0.25 mm、<0.105 mm和0.105–0.25 mm的团聚体,而相同粒径范围内的团聚体以苔藓结皮的营养水平为高。（2）BSCs中好氧甲烷氧化菌绝对丰度:蓝藻结皮中好氧甲烷氧化丰度最高为2383 copies/g,均值为1803 copies/g;苔藓结皮中好氧甲烷氧化菌丰度最高和均值分别为3787 copies/g和2731 copies/g。好氧甲烷氧化菌在苔藓结皮的丰度高于蓝藻结皮,且在两类结皮中甲烷氧化菌丰度均为L粒径团聚体最高,S粒径团聚体丰度次之、M粒径团聚体丰度最少。相同粒径团聚体中,苔藓结皮的好氧甲烷氧化菌丰度是蓝藻结皮的1.28-1.59倍。（3）BSCs中好氧甲烷氧化菌多样性:Shannon指数表明在蓝藻与苔藓BSCs中,好氧甲烷氧化菌群物种多样性在直径大于0.25 mm粒径团聚体（L）、直径大于0.105 mm小于0.25 mm（M）和直径小于0.105 mm（S）中依次升高,最高为苔藓结皮直径大于0.25 mm粒径团聚体（MS）,达2.548;而Chao1指数则表明中好氧甲烷氧化菌丰富度无明显差异。（4）BSCs好氧甲烷氧化菌群落结构:18个样品中的好氧甲烷氧化菌来自2个门,即Proteobacteria和Verrucomicrobia。其中Proteobacteria占98.17%–98.42%、为最优势菌门,Verrucomicrobia相对丰度较低、只有1.58%–1.83%。蓝藻结皮与苔藓结皮好氧甲烷氧化菌群落结构在门水平上无显着差异;不同粒径团聚体当中,>0.25 mm的Proteobacteria相对丰度较<0.25 mm高。蓝藻结皮中优势菌属为Methylocystis、Methylobacter和Methylosinus（相对丰度超过10%）;苔藓结皮中优势菌属较蓝藻结皮增加了Methylomonas,且在两类BSCs中均以Methylocystis为最优势菌属。（5）微生物群落与环境因子相关性:NH4、MBN、MBC、TOC、TN和NO3对BSCs样品的好氧甲烷氧化菌群落结构有较大影响,而p H和AP与样本群落结构关联性相对较小。其中苔藓结皮样品与NH4、AP、DOC、MBN、MBC、TOC和TN呈正相关关系;而p H和NO3与他们呈负相关。蓝藻结皮中<0.25 mm粒径团聚体（M和S）与NH4和NO3关联性较大,而>0.25 mm（L）粒径团聚体与各环境因子关联性相对较小。（6）BSCs甲烷氧化能力分析:苔藓结皮甲烷氧化能力显着高于蓝藻结皮,甲烷氧化量是蓝藻结皮的2-3倍、最高可达71.368μmol/L/d;不同粒径BSCs甲烷氧化能力为M>L>S,不同样品均在培养初期快速氧化CH4,并在培养期的72 h以后CH4氧化能力基本趋于平缓。
代海涛[2]（2021）在《南极苔原氮转化关键过程及其微生物驱动机制》文中进行了进一步梳理氮是生命体最基本的组成元素之一,也是生态系统主要限制性营养元素。氮素生物地球化学循环在微生物的驱动下,形成复杂的氮循环网络。通常氮转化过程包括固氮、硝化、反硝化、厌氧氨氧化、有机氮转化以及硝酸盐异化还原成铵过程。随着分子生物学技术的发展,近十多年来基因组数据揭示了参与氮转化的微生物存在着复杂多样性的新陈代谢功能:光养亚硝酸盐氧化、完全氨氧化等新的代谢能力,以及氨氧化古菌和反硝化真核有孔虫等新的氮转化微生物的发现,更新了人们对微生物驱动的氮转化过程的认知。因此,研究生态系统氮转化过程及其微生物驱动机制已成为地球科学研究的热点。目前国内外关于陆地和水域生态系统氮转过程及其功能微生物作用机制开展了大量研究。但是,远离人为干扰的南极生态系统氮转化过程及其功能微生物群落多样性的研究仍十分缺乏。在南极大陆沿岸以及亚南极岛屿的无冰区栖息着大量的企鹅和海豹等海洋动物。海洋动物作为连接海洋和陆地的生物泵,将大量的氮磷等养分从海洋转移到陆地。海洋动物排泄物输入的氮通过多种形式或途径在土壤、植被、水体以及周围大气中发生迁移转化,控制和影响着苔原生态系统氮素生物地球化学循环过程。因此,研究南极环境氮转化过程及其功能微生物群落多样性对海洋动物活动的响应具有重要意义。基于此,本文以西南极法尔兹半岛地区作为研究区域,采集了不同生态区苔原土壤（包括企鹅与海豹活动区苔原土壤、邻近企鹅与海豹活动区苔原土壤以及背景高地苔原土壤）和湖泊沉积物等。采用15N同位素示踪技术以及荧光定量PCR、高通量测序、宏基因组等分子生物学方法,系统研究了南极苔原土壤和湖泊沉积物的硝化、反硝化、硝酸盐异化还原成铵（DNRA）和厌氧氨氧化（anammox）速率及其影响因素;分析了南极苔原土壤固氮、反硝化与DNRA过程的微生物丰度、多样性和群落结构变化规律及其影响因素;探讨了南极苔原土壤微生物群落组成和多样性以及主要氮转化过程功能基因相对丰度,构建了南极苔原土壤氮转化代谢网络。主要研究内容和结果如下:1.南极苔原土壤固氮微生物群落结构特征通过高通量测序和定量PCR分析了南极苔原土壤nifH型固氮微生物丰度、群落组成和多样性变化特征。结果表明:海豹活动区土壤和企鹅活动区周围土壤的nifH基因丰度范围为1.0 × 105-3.9× 105 copies g-1,显着高于企鹅活动区土壤（950-1297 copies g-1）,三者nifH基因丰度都显着高于背景高地苔原土壤（13-582 copies g-1）,说明海洋动物活动提高了nifH基因丰度,而企鹅活动持续输入的大量有机质却降低了 nifH基因丰度。海豹活动显着降低了 nifH基因多样性,而企鹅活动对nijH基因多样性无显着影响。物种分类结果表明,海豹活动区土壤和背景土壤固氮微生物群落组成相似,优势菌属为甲烷丝菌属Methanothrix、甲基杆菌属Methylobacter和Desulfocapsa;而企鹅活动区及其周围的苔原土壤优势菌属为慢生根瘤菌Bradyrhizobium。聚类分析和CCA结果显示,相比于背景土壤,企鹅活动增加土壤总碳和有机质含量,为固氮微生物提供更多碳源,增加土壤含水率和氨氮含量影响固氮微生物活性,从而改变苔原土壤固氮微生物群落结构。总体上,南极苔原土壤nifH固氮微生物丰度、多样性和群落组成与海洋动物活动密切相关。2.南极苔原土壤反硝化过程及其微生物群落多样性特征采用15N同位素示踪技术以及分子生物学手段,室内分析研究了苔原土壤反硝化速率,以及nirS型和nirK型反硝化微生物丰度、群落组成多样性及其影响因素。结果表明:背景苔原土壤反硝化速率极低（0.01 μmol N kg-1 h-1）,且无法扩增nirS和nirK基因。动物活动区及其周围土壤均可成功扩增nirS和nirK基因,其nirS基因丰度范围为5.9 × 103-2.5 × 107 copies g-1,显着高于nirK基因丰度（7.4 × 102-6.2 × 105 copies g-1）。南极苔原土壤的反硝化速率范围为0.04-59.49μmol N kg-1 h-1。相比于动物活动区周围土壤,海洋动物活动显着提高了 nirS和nirK基因丰度以及反硝化速率（p<0.05）。苔原土壤反硝化速率与nirS基因丰度显着相关（p=0.02）,而与nirK基因丰度无显着相关性,表明南极苔原土壤反硝化过程中nirS基因起主导作用。动物活动区土壤nirS基因多样性高于动物活动区周围苔原土壤,而nirK基因多样性低于动物活动区周围苔原土壤。CCA结果表明,nirS型和nirK型反硝化微生物群落结构与动物活动降低的C:N比值（p<0.05）以及企鹅粪或海豹粪输入的氨氮（p<0.05）和硝氮（p<0.05）密切相关。企鹅或海豹通过粪便的输入,提高区域氨氮含量,氨氮经硝化作用生成硝氮为反硝化提供反应底物,动物活动区较低的C:N 比值有利于反硝化过程的发生,因此海洋动物活动通过改变土壤理化性质显着提高了南极苔原土壤反硝化微生物活性和丰度,改变了其群落组成。3.南极苔原土壤硝酸盐异化还原过程及其微生物群落多样性特征采用15N同位素示踪技术以及分子生物学方法对苔原土壤进行DNRA速率,以及DNRA细菌丰度、群落组成多样性及其影响因素分析。结果表明:海豹活动区周围土壤和背景高地苔原土壤的DNRA速率为0-0.09 μmol N kg-1 h-1,均无法扩增nrfA基因。海豹和企鹅活动区土壤及企鹅活动区周围土壤的nrfA基因丰度范围为 4.6×103-6.1×104 copies g-1,其 DNRA 速率范围为 0.35-3.79 μmol N kg-1 h-1,且苔原土壤的DNRA速率与nrfA基因丰度显着正相关。其中企鹅活动区土壤的nrfA基因丰度和DNRA速率最高,高于海豹活动区土壤,二者都高于企鹅活动区周围土壤,表明海洋动物活动促进了 DNRA过程。海豹和企鹅活动区土壤的nrfA基因多样性低于企鹅活动区周围土壤,且nrfA基因的Chao 1指数与C:N呈显着负相关。CCA结果表明,苔原土壤DNRA细菌群落组成主要受氨氮和硝氮的影响。土壤C:N比和氨氮、硝氮与动物活动密切相关,因此,海洋动物活动是影响DNRA细菌群落多样性和组成的关键因素。4.南极苔原土壤微生物群落组成及氮转化过程功能基因特征对南极苔原土壤进行了宏基因组学研究,分析了苔原土壤微生物群落组成多样性,氮转化关键过程相关功能基因丰度及物种组成。结果表明,企鹅或海豹活动显着降低了苔原土壤细菌和古菌的α多样性,同时改变了细菌和古菌的群落组成,提高了 Proteobacteria、Bacteroidetes 和 Euryarchaeota 的相对丰度。此外,苔原土壤微生物群落组成受pH、C:N以及氨氮的影响。功能基因相对丰度分析结果表明,海洋动物活动显着增加了硝化、反硝化、DNRA以及固氮过程相关功能基因的丰度,而对硝酸盐同化还原和有机氮过程相关功能基因无显着影响。基于功能基因的物种注释结果,南极苔原土壤氮代谢过程由一系列高度多样性的微生物所驱动,其中 Actinobacteria、Betaproteobacteria 和 Gammaproteobacteria 在南极苔原土壤氮代谢过程中起到重要作用。5.南极苔原土壤和湖泊沉积物氮转化速率特征南极苔原土壤硝化速率为0.06-9.91μmol N kg-1 h-1,反硝化速率为0.01-59.49μmol N kg-1 h-1,DNRA 速率为 0-3.79 μmol N kg-1 h-1,anammox 速率为 0-2.55μmolN kg-1 h-1;各氮转化速率均表现为动物活动区高于背景苔原土壤,统计分析表明,氨氮是控制苔原土壤氮转化速率的关键影响因子（p<0.05）。湖泊沉积物硝化速率为0.15-0.62μmolN kg-1 h-1,反硝化速率0.01-3.11 μmolN kg-1 h-1,DNRA速率为 0.31-0.83 μmol N kg-1 h-1,anammox 速率为 0.05-0.25 μmol N kg-1 h-1;其中G湖沉积物的硝化、反硝化和DNRA速率均为最高,Y2湖沉积物的硝化、反硝化和anammox速率均为最低,统计分析表明氨氮是影响湖泊沉积物anammox和硝化速率的关键影响因子（p<0.05）,DNRA速率则主要受总磷含量影响（p<0.05）。在南极苔原动物活动区土壤中,反硝化过程对硝酸盐还原的贡献率为49.3%-96.4%;而在C:N较高的非动物活动区,DNRA过程贡献了硝酸盐还原的8.1%-92.5%。在南极湖泊沉积物中anammox过程对硝酸盐减少的贡献率为5.9%-35.5%,小于反硝化和DNRA过程的贡献率,在G湖和月牙湖中硝酸盐还原过程以反硝化过程为主,在Y2湖和Y4湖,则以DNRA过程为主。
李新正,寇琦,王金宝,甘志彬,杨梅,龚琳,隋吉星,马林,曲寒雪,初雁凌,曾宥维,王伟娜,张祺,董栋[3]（2020）在《中国海洋无脊椎动物分类学与系统演化研究进展与展望》文中研究表明综述了我国海域无脊椎动物的分类学和系统演化研究的历史和概况,以及我国分类系统学工作者在海洋无脊椎动物分类学、区系与动物地理学、系统发育与分子系统学领域的主要工作,重点介绍了中国科学院海洋研究所的海洋无脊椎动物分类学工作。涉及类群包括原生动物、海绵动物、刺胞动物、线虫、多毛类环节动物、星虫、螠虫、软体动物、节肢动物、苔藓动物、毛颚动物、棘皮动物、半索动物等主要的无脊椎动物门类。涉及海域以我国管辖海域,特别是中国近海为主,也涉及了西太平洋、西南印度洋等深海环境的无脊椎动物类群的分类学报道。本文总结过去,展望未来,对于在我国在海洋无脊椎动物分类与系统演化研究领域成就基础上,发现薄弱环节,研讨今后本学科的发展方向,填补研究空白,赶超本领域国际前沿,都有重要借鉴意义。
李莹[4]（2020）在《广东省蛭态轮虫物种多样性及广布种Rotaria sordida遗传分化研究》文中研究指明蛭态亚纲轮虫作为轮虫动物门真轮纲中一类独特的群体,因其专性孤雌生殖和隐生（低湿休眠）两大特征,广泛分布于多种水陆生境。本论文以广东省为主要研究区域,通过传统的形态学方法和分子手段,研究蛭态轮虫的物种多样性,并研究了蛭态轮虫广布种Rotaria sordida的遗传分化,从分子水平上发现了隐种的存在。主要结果如下:（1）共鉴定蛭态亚纲轮虫3目4科12属53种。其中包括盘网轮属9种,宿轮属7种,敖突轮属2种,粗颈轮属13种,旋轮属13种,轮虫属2种,Henoceros属2种,Pleuretra、Mniobia、Bradyscela、Didymodactylos和Scepanotrocha属各1种。发现中国新记录科1科,新记录属3属,以及新记录种10种,我国的蛭态轮虫记录数由88种增加到98种,文中详细描述了10个蛭态轮虫新记录种和3种中国未描述种的形态结构特征。本研究在苔藓生境中鉴定出蛭态轮虫35种,落叶生境中21种,水生环境中7种。在苔藓和落叶生境中均可生存的10种,苔藓和水环境均可生存的1种,暂未发现在这三类生境中均可生存的蛭态物种。（2）获得蛭态轮虫4属（盘网轮属、旋轮属、粗颈轮属、轮虫属）16种共37条COⅠ基因序列,构建系统发育树。研究表明,同一个属的各物种之间具有较高的同源性,建树结果聚为同一枝。形态相似的两个物种之间遗传距离小,亲缘关系更近。在进化过程中,环境变化导致的形态差异可能是影响物种分化的原因之一。其中有9种蛭态轮虫的COⅠ基因序列为我国首次记录,2个物种的COⅠ基因序列为全球首次记录。（3）研究了广布种Rotaria sordida的种群遗传分化。采集了全国10省12市的蛭态轮虫样品,成功获取该物种的COⅠ基因序列32条,分析了R.sordida的系统发育及物种进化,发现在不同地区的样品中,生境类型相同的R.sordida具有较高的同源性。通过GMYC模型处理,共发现了此物种的12个隐种。结合Gen Bank中下载的其他国家该物种的基因序列,全球共发现其28个隐种,具有较高的隐藏多样性,产生隐种的原因更可能是受栖息地环境的影响,地理隔离不是主导因素。本论文通过对广东省蛭态轮虫多样性的研究,增加了我国蛭态轮虫的物种记录,为我国蛭态轮虫的后续研究提供了种类鉴定的参考资料。获取的蛭态轮虫COⅠ基因序列以及对广布种R.sordida遗传分化的初步探索,也为全球蛭态轮虫生物地理分布格局研究提供了基础数据。
曾悦[5]（2019）在《中国蛭态轮虫物种多样性初步研究》文中研究说明蛭态轮虫属于轮虫动物门,真轮纲,蛭态亚纲。是目前为止有形态学、细胞发生学和基因学证据的最大、最古老以及最多样化的无性进化多细胞动物类群。生活在几乎所有含水环境,耐受很多极端条件（如干燥,低温,紫外线等）。当环境出现干燥等不适时,处于任何生命阶段的蛭态轮虫均可进入低湿休眠状态且可随风传播,待环境好转即能停止休眠恢复正常生命周期。以上两个特征为其获得了“进化的舞弊现象”和“睡美人”称号。此外,蛭态轮虫易于采集和实验室培养,也成为目前研究分类学、生态学以及遗传进化的理想模式生物。目前全球已描述蛭态轮虫超过480种,主要栖息在各类水生（淡水池塘,湖泊,溪流等）和陆生环境（苔藓,地衣,落叶,土壤等）中,海水中相对较少。中国在1998年以前仅纪录43种/亚种蛭态轮虫,此后20年里其分类学研究进展缓慢,直至2016年,种类数由43种增加到48种。2017-2018年,通过对我国典型生境调查和实验室分析,补充了蛭态轮虫分类学、形态学和分子生物学信息,为评估中国蛭态轮虫的多样性提供了基础资料。2017年-2018年,共采集中国11省市不同水陆生境（苔藓,地衣,土壤,落叶,淡水,咸淡水等）61份样品,记录物种61种,其中新增中国新纪录41种和1属,将中国蛭态轮虫的记录从48增加至89种,其中同样有41种轮虫为东洋界新纪录。此外,对一些罕见物种进行了重新描述,提供了Philodina parvicalcar咀嚼器扫描电镜结构图,新观察到该轮虫有2个副齿。通过分子生物学研究,获取了中国不同地区8个物种18条线粒体细胞色素氧化酶亚基1（COI）DNA序列,揭示出形态学物种Adineta cf.ricciae,Adineta beysunae和Adineta cf.barbata为中国特有地域性物种。Adineta vaga,Philodina acuticornis和Rotaria sordida呈现全球性分布特征,分别与澳大利亚,美国和欧洲的序列汇聚成一支。该结果支持蛭态轮虫具有全球广布性特征,同时也具有一定地域性分布的假设。本研究为蛭态轮虫全球生物地理分布格局提供了新证据。
李天晓[6]（2019）在《飞来峰造像典型微生物病害认知与防治研究》文中提出文物是人类在历史发展进程中遗留下的宝贵遗产,具有十分重要的价值。但是伴随时间的流逝,这些遗产,特别是暴露于环境中的不可移动石质文物,遭受到物理、化学、生物等多种因素的破坏。近年来,微生物因素对文物的破坏作用逐渐受到人们的关注和重视,微生物病害的认知以及防治研究已经成为文物保护研究中的一个重要领域。飞来峰造像是是浙江省最大的一处石刻造像群,既是全国重点文物保护单位,也是世界文化遗产“杭州西湖文化景观”的重要组成部分。但该文物目前正遭受着多种微生物的侵袭,其价值遭到损害。本研究以飞来峰造像为例,对石质文物表面的微生物病害进行调查和评估,应用分子生物学技术首次鉴定出文物表面广泛分布的绿色苔藓和橘色藻类的组成:耳叶苔、鳞叶藓和橘色藻。并通过显微观察、能谱分析、X射线衍射等表征技术对飞来峰造像常见病害——“白斑”进行分析,发现其为CaCO3在岩石表面沉积所形成的矿物结壳。进一步通过微生物培养和DNA测序技术,从“白斑”中分离鉴定出5种细菌属和10种真菌属,并验证“白斑”是由微生物参与引发的文物病害,使石质文物遭受美学和结构破坏。随后首次鉴定出刺盘孢属真菌具有诱导CaC03沉淀的能力,它的作用方式是通过对有机酸的分解代谢,提升周围环境的pH值,从而诱导CaCO3在文物表面沉淀。为了避免微生物侵蚀石质文物,本研究通过梯度稀释实验和抑菌圈实验分别评估、比较了文物保护中常用的三种无机抗菌剂和六种有机抗菌剂的抑菌效力,发现有效成分为辛噻酮的商业抗菌剂AW-600是用于飞来峰造像表面微生物清理的最佳抗菌剂,推荐的使用浓度为0.5%。通过现场实验,验证了 AW-600对飞来峰造像表面微生物清除的有效性,但也发现了它的不足,即无法长期保持抑菌效果。通过热老化和抗流失实验,证实水溶性是影响AW-600抑菌效力的主要因素,频繁降雨导致抗菌剂的流失,从而削弱了其抑菌持久性。但AW-600和纯丙乳液的联合应用可以有效的改善这一缺点。综上所述,本研究综合微生物病害认知和防治两方面的研究,比较全面地认识了飞来峰造像群现存的典型微生物病害,以及它们对石质文物的腐蚀现状和破坏机理,并为微生物病害的清除和预防提供了可行的参考方案。这不仅为今后防止微生物腐蚀破坏飞来峰造像提供了科学基础,对石质文物微生物病害的研究也有借鉴意义。
牛肖翠[7]（2019）在《14种陆生植物中DUF4228基因家族的鉴定和表达分析》文中指出随着越来越多物种基因组测序的完成,利用生物信息学手段揭示不同家族基因的功能被广泛地应用于动植物等的研究中。本研究通过序列分析、系统进化分析以及表达量检测等方法,对14种代表植物中含有未知功能结构域DUF4228基因家族进行了综合分析,得到以下结果:1.利用Pfam30.0数据库中下载的DUF4228结构域的HMM模型,通过HMMsearch从14种陆生植物以及2种藻类植物基因组中搜索具有DUF4228结构域的基因,发现藻类植物团藻和莱茵衣藻没有含该结构域的基因,其他14种陆生植物共含有489个DUF4228家族基因。2.对上述的489个基因的氨基酸序列进行进化分析发现,可将该家族分为3个组,分别为group Ⅰ,group Ⅱ和groupⅢ。其中group Ⅰ基因数量最少,groupⅢ基因数量最多,groupⅡ为种子植物所特有。3.分析本研究中的489个基因的结构域发现,仅裸子植物火炬松中少数序列存在2-3个DUF4228结构域,其余基因均仅含有一个DUF4228结构域。4.保守基序分析表明,14个陆生物种的489个DUF4228家族基因中均存在motif Ⅰ。5.拟南芥AtDUF4228基因的表达存在组织特异性。6.对ADUF4228家族基因启动子序列顺式作用元件和非生物胁迫下表达量的分析表明,该家族部分基因可能与植物响应非生物胁迫密切相关。蛋白互作分析发现一些基因与已知的抗逆相关基因存在互作。
唐凯[8]（2019）在《生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究》文中指出荒漠化是人类面临的重大环境问题,严重影响着人类的生活和生产。生物土壤结皮（Biological soil crusts,BSCs）广泛存在于荒漠地区,在荒漠化生态系统遏制荒漠化、植被恢复的初始过程中作用关键。因蓝藻具有固碳、固氮、产胞外多糖等促进BSCs形成和发育的功能,一直以来被认为是BSCs形成的先锋物种。而好氧不产氧光营养细菌（Aerobic anoxygenicphototrophic bacteria,AAnPB）具有与蓝藻类似或相同的功能特征,可能对BSCs的形成和发育有重要贡献。但是,目前还鲜有BSCs中有关AAnPB的研究报道。本论文以内蒙古东、西部主要荒漠为研究对象,利用传统分离培养和高通量测序等技术手段、结合生物信息学分析和微宇宙模拟实验,首先对荒漠地区BSCs中的细菌和AAnPB的丰度、群落结构和组成及影响其群落结构的影响因子进行了研究,之后预测并验证了 AAnPB对BSCs形成和发育的影响;最后对AAnPB菌株B3的进行了多组学分析。主要结果如下:1.BSCs中细菌和AAnPB的丰度、群落结构和多样性及环境影响因子BSCs层细菌16S rDNA拷贝数每克上壤中含108个以上,AAnPB可占到总细菌数量的0.2-0.3%;而分离培养获得的AAnPB可占培养细菌总数的最高比例高达近 12%。分离培养和高通量测序结果均表明,BSCs中细菌属于Proteobacteria等6个门类,优势纲为 Alphaproteobacteria 和 Actinobacteria,优势科 Methylobacteriaceae 和Sphingomonadaceae的相对丰度基本稳定在3 1.5%左右,Sphingomnnas为可培养细菌中的优势属;AAnPB的优势门为Proteobacteria,优势纲为Alpha-和Beta-proteobacteria,优势科Rhodospirillaceae、Acetobacteraceae、Roseiflexaceae,Sphingomonadanceae 和 Methylobacteriaceae,其中 Methvlobacterium（24.14%》,Blastomo%）,s（10.34%）和Sphingomona（10.34%）是可培养 AAnPB 中的优势属。BSCs中细菌与AAnPB群落结构和多样性因时（季节,5月和9月）空（结皮层和下层七壤;不同地理位置）和结皮类型不同而有所差异,尤其是群落结构在东、西部区域差异较大,主要体现在群落的相对丰度上。2.AAnPB对BSCs形成和发育的影响与作用预测所得荒漠地区 BSCs中 AAnPB核心微生物组包括5 个科Methylobacteriaceae、Acetobacteraceae、Burkholderiaceae、Rhodospirillaceae 和Sphingomonadaceae;反接验证实验结果表明,这些微生物在人工环境中对BSCs的形成和发育具有不同程度的促进作用。基于AAnPB可以、而蓝藻等藻类不可以利用近红外光的特点设计的微宇宙模拟实验研究结果表明,添加近红光实验组形成的BSCs较对照组在形成BSCs的厚度、BSCs中有机质含量和微藻的数量分别提高了 24.0%、103.7%和1447.6%。而AAnPB 核心微生物组（Methylobacteriaceae 中的 methylotrophs 类和Sphingomonadaceae中的Sphingomonas）与其它微生物类群数量的增长、有机物等营养物质的积累显着相关（P<0.05）。3.菌株B3全基因组和RubisCo酶活分析AAnPB菌株B3的光合基因簇与其它已知自养或异养光营养细菌具有明显差异,具有完整的卡尔文固碳途径;在寡营养培养条件下,RubisCo酶活力最高可达到18.8μmol/min·g菌体,说明AAnPB可直接参与到荒漠生态系统的“碳汇”过程中。综上,BSCs中的细菌与AAnPB的丰度高,种类丰富,不同类型BSCs间群落结构差异大,原因与地理因素、气候因素和土壤理化性质有关,其中降水量和pH影响最大。核心 AAnPB 物种隶属于 Methylobacteriaceae、Sphingomonadaceae、Burkholderiaceae、Acetobacteraceae 和 Rhodospirillaceae,这些 AAnPB 类群可通过提高BSCs中有机质、速效磷和速效氮的水平,增加藻类和真菌的丰度和多样性,提高BSCs覆盖度和厚度而加速其形成和发育。核心AAnPB菌株B3具有完整光合固碳系统,且具有RubisCo酶的活性。本研究为认识BSCs中AAnPB多样性和功能提供了依据,具有重要的理论意义和实践价值。
古扎丽阿依·牙生[9]（2019）在《5株沙漠蓝藻的系统发育分析及微囊藻毒素基因同源性分析》文中研究表明本研究中国新疆塔克拉玛干沙漠分离纯化的5株沙漠藻进行培养,观察藻细胞显微结构进行形态学分类,再利用16S rDNA序列分析与16S-23S rDNA间隔ITS区序列系统发育分析进行分子生物学分类鉴定。再进一步对沙漠蓝藻mcy基因进行了分析,探讨沙漠蓝藻微囊藻毒素基因与淡水蓝藻微囊藻毒素基因之间的同源关系。本研究不仅为沙漠蓝藻的遗传多样性奠定基础,而且首次对沙漠蓝藻微囊藻毒素基因进行系统进化分析,并讨论微囊藻毒素基因在不同环境蓝藻,不同属种之间的高度保守性,同时为快速检测沙漠蓝藻微囊藻毒素基因以及开发与应用沙漠蓝藻的安全方面提供理论依据。首先,利用光学显微镜与扫描电镜观察对5株沙漠藻进行形态鉴定,其结果表明,5株沙漠藻样品细胞丝状排列,藻丝不成簇,藻体呈蓝绿色,均不具有帽状结构,除了藻种Y4外,其他藻种都有明显的分节点,只有藻种Y5有顶端渐细的特征。从5株藻种的形态特征可以初步鉴定为5株沙漠藻均属于蓝藻纲（Cyanophyceae）的颤藻目（Osillatoriales）。其次,利用16S rDNA基因序列分析与16S-23S rDNA基因间隔ITS区序列分析对5株沙漠蓝藻进行分子生物学鉴定。其中16S rDNA基因序列分析结果表明,藻种Y1,Y2的基因序列与Gen Bank上的Leptolyngbya（AY493590.1）的同源性高,其相似率分别为95%和98%;藻种Y3的基因序列与Oscillatoria sp.（KM019975.1）的同源性高,相似率达96%;藻种Y4基因序列与Planktothrix pseudagardhii（FM177501.1）,藻种Y5基因序列与Oscillatoria acuminata（KM019978.1）的相似率同样为92%。ITS区序列分析结果与16S rDNA序列分析结果保持一致。最后,利用PCR方法检测沙漠蓝藻mcy基因,其结果表明,5株沙漠蓝藻均缺失了mcy A与mcy G基因序列,但其他mcy基因（mcy B-mcy E）均存在;将测定序列与数据库中已知的同源序列进行比对,其结果表明,沙漠蓝藻mcy B-mcy E基因序列与数据库中淡水蓝藻mcy基因同源序列的相似率达99%以上;在绘制出的系统发育树中沙漠蓝藻mcy基因与淡水蓝藻mcy基因聚成一簇;其中针对微囊藻毒素的致毒部位Adda的合成中具有最关键作用的mcy E基因序列进行生物信息学分析。结果表明,沙漠蓝藻mcy E基因序列与淡水蓝藻mcy E基因序列具有高度的一致性;在多重比对结果中有极少部分的不规则变异位点,但并不影响互相之间的同源进化关系。
胡刚,韦锋,张忠华[10]（2018）在《基于Web of Science的苔藓植物研究文献计量分析》文中研究表明为了解全球苔藓植物的研究现状,从文献计量学视角出发,以Web of Science数据库为数据源检索了19652017年间与苔藓植物研究相关的文献,采用文献计量法定量分析了苔藓植物研究文献的年度发文量、国家、作者、研究机构、期刊以及学科分布等指标。结果表明;19652017年间,全球有关苔藓植物的研究文献24784篇,其研究总体上呈明显上升趋势,在经过发展相对缓慢的起步阶段（1965-1989年）后,出现了大量成果发表的快速发展阶段（19902017年）,预计未来在相关研究领域仍会有大量成果发表。全球发表相关文献数最多的国家依次为美国、德国和英国,而我国全球排名第5,这表明我国在苔藓植物研究方面具有较高的国际影响力。日本、波兰和德国的学者分别在苔藓植物化学、分类学以及分子系统学等方面发表了较多文献,我国部分学者在苔藓植物分类与分布、植物化学等方面也取得一系列高质量的成果。中国科学院是全球发表苔藓植物研究文献数量最多的机构,同样表明我国学者在该领域产生了诸多成果并具有很强的实力。此外,全球苔藓植物研究方面在一定程度上呈现出多机构间激烈竞争的局面。全球发表苔藓植物研究文献最多的期刊依次为美国创办的《The Bryologist》、英国的《Journal of Bryology》和法国的《CryptogamieBryologie》,然而我国的学术刊物在此领域几乎没有国际影响力。全球对苔藓植物的研究集中在植物科学、环境科学与生态、生物化学与分子生物学等学科领域,表明在苔藓植物的分类与分布、生理生态、分子进化与系统发育以及环境监测与修复等方面研究较多。此研究结果可为掌握国内外苔藓植物研究的现状与趋势等提供基础信息,并对后续研究具有潜在的指导意义。
二、苔藓分子生物学的一些进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、苔藓分子生物学的一些进展（论文提纲范文）
（1）库布齐沙地生物土壤结皮中好氧甲烷氧化菌群落结构和多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 荒漠化与温室效应危害 |
| 1.2 生物土壤结皮 |
| 1.2.1 生物土壤结皮的形成与类型 |
| 1.2.2 生物土壤结皮的功能 |
| 1.3 生物土壤结皮微生物多样性和群落结构 |
| 1.4 土壤团聚体概述 |
| 1.5 甲烷氧化菌概述 |
| 1.5.1 好氧甲烷氧化菌类型 |
| 1.5.2 好氧甲烷氧化菌氧化甲烷的关键酶和基因 |
| 1.5.3 BSCs中好氧甲烷氧化菌研究现状 |
| 1.6 微生物多样性及群落结构研究技术 |
| 1.6.1 微生物群落多样性 |
| 1.6.2 微生物多样性及群落结构研究技术 |
| 1.6.3 高通量测序技术与宏基因组在微生物学研究中的应用 |
| 1.7 本研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 库布齐沙地概述 |
| 2.2 材料 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 主要仪器设备 |
| 2.2.3 实验试剂与配方 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 样品处理 |
| 2.3.2 土壤理化性质测定 |
| 2.3.3 宏基因组测序 |
| 2.3.4 q-PCR测定生物土壤结皮中好氧甲烷氧化菌丰度 |
| 2.4 分析方法 |
| 2.4.1 数据质控 |
| 2.4.2 拼接组装 |
| 2.4.3 基因预测 |
| 2.4.4 非冗余基因集构建 |
| 2.4.5 基因丰度计算 |
| 2.4.6 物种分类学注释 |
| 2.5 BSCs甲烷氧化能力分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 理化性质分析 |
| 3.2 好氧甲烷氧化菌的丰度 |
| 3.3 好氧甲烷氧化菌多样性与群落结构 |
| 3.3.1 基因集构建及序列 |
| 3.3.2 群落多样性分析 |
| 3.3.3 群落结构和组成分析 |
| 3.3.4 环境因子对群落结构和组成的影响 |
| 3.4 生物土壤结皮甲烷代谢能力分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 生物土壤结皮中不同粒径团聚体理化性质 |
| 4.2 生物土壤结皮中好氧甲烷氧化菌群落结构及其影响因素 |
| 4.3 BSCs甲烷氧化能力及影响因素分析 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（2）南极苔原氮转化关键过程及其微生物驱动机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 氮循环过程 |
| 1.2 国内外研究概况 |
| 1.2.1 固氮过程研究 |
| 1.2.2 反硝化过程研究 |
| 1.2.3 硝酸盐异化还原成铵过程研究 |
| 1.3 极地氮循环研究进展 |
| 1.4 微生物生态学研究方法 |
| 1.4.1 高通量测序 |
| 1.4.2 宏基因组学 |
| 第2章 研究意义和研究内容 |
| 2.1 研究背景与意义 |
| 2.2 研究目标 |
| 2.3 研究内容 |
| 2.4 技术路线 |
| 第3章 研究区域和方法 |
| 3.1 研究区域概况 |
| 3.2 野外样品采集 |
| 3.2.1 反硝化和DNRA过程分析苔原土壤野外采样设计 |
| 3.2.2 固氮过程和宏基因组分析苔原土壤野外采样设计 |
| 3.2.3 氮转化速率分析苔原土壤和湖泊沉积物野外采样设计 |
| 3.2.4 土壤样品采集与保存 |
| 3.3 南极苔原土壤理化性质及氮转化速率分析 |
| 3.3.1 样品理化性质测定 |
| 3.3.2 硝化速率测定 |
| 3.3.3 反硝化和厌氧氨氧化速率测定 |
| 3.3.4 硝酸盐异化还原成铵(DNRA)速率测定 |
| 3.4 南极苔原土壤微生物群落多样性研究方法 |
| 3.4.1 DNA提取 |
| 3.4.2 荧光定量PCR |
| 3.4.3 高通量测序及数据处理 |
| 3.4.4 宏基因组测序及数据处理 |
| 3.5 数据统计分析 |
| 第4章 南极苔原土壤固氮微生物群落结构特征 |
| 4.1 苔原土壤理化性质分析 |
| 4.2 南极苔原土壤固氮nifH基因丰度 |
| 4.2.1 苔原土壤固氮nifH基因丰度分布特征 |
| 4.2.2 海洋动物活动对苔原土壤中nifH基因丰度的影响 |
| 4.3 固氮微生物群落多样性分析 |
| 4.3.1 苔原土壤固氮nifH基因群落多样性 |
| 4.3.2 苔原土壤固氮nifH群落组成 |
| 4.3.3 影响固氮nifH群落组成的主要因素 |
| 4.3.4 固氮nifH基因多样性对环境因子的响应 |
| 4.3.5 动物活动对固氮微生物群落结构的影响 |
| 第5章 南极苔原土壤反硝化过程研究 |
| 5.1 南极苔原土壤理化性质 |
| 5.2 南极苔原土壤反硝化nirS、nirK基因丰度 |
| 5.2.1 nirS、nirK基因扩增 |
| 5.2.2 南极苔原土壤基因丰度的分布规律 |
| 5.2.3 海洋动物活动对反硝化功能基因丰度的影响 |
| 5.3 南极苔原土壤反硝化速率变化规律 |
| 5.3.1 苔原土壤反硝化速率分布规律 |
| 5.3.2 海洋动物活动对苔原土壤反硝化速率的影响 |
| 5.4 南极苔原土壤反硝化微生物群落多样性特征 |
| 5.4.1 nirS型和nirK型反硝化微生物多样性 |
| 5.4.2 南极苔原反硝化微生物群落组成 |
| 5.4.3 南极苔原土壤反硝化微生物群落结构对环境因子的响应 |
| 5.4.4 海洋动物活动对苔原土壤反硝化微生物多样性的影响 |
| 5.4.5 海洋动物活动对苔原土壤反硝化微生物群落组成的影响 |
| 第6章 南极苔原土壤硝酸盐异化还原过程 |
| 6.1 南极苔原土壤硝酸盐异化还原功能基因nrfA丰度及速率 |
| 6.1.1 nrfA基因扩增 |
| 6.1.2 苔原土壤nrfA基因丰度 |
| 6.1.3 苔原土壤DNRA速率 |
| 6.1.4 DNRA功能基因丰度及速率对环境因子的响应 |
| 6.2 南极苔原土壤硝酸盐异化还原细菌群落多样性 |
| 6.2.1 苔原土壤nrfA基因多样性 |
| 6.2.2 南极苔原土壤DNRA细菌的群落组成 |
| 6.2.3 南极苔原土壤DNRA群落组成对环境因子的响应 |
| 6.2.4 南极苔原DNRA细菌的群落组成对动物活动的响应 |
| 第7章 南极苔原氮转化过程宏基因组学研究 |
| 7.1 苔原土壤细菌和古菌群落多样性分析 |
| 7.1.1 细菌和古菌多样性分析 |
| 7.1.2 细菌和古菌群落组成及影响因素 |
| 7.1.3 苔原土壤细菌和古菌群落多样性对海洋动物活动的响应 |
| 7.2 苔原氮转化过程功能基因分析 |
| 7.2.1 海洋动物活动影响下苔原土壤氮转化路径 |
| 7.2.2 苔原土壤硝化和反硝化过程 |
| 7.2.3 苔原土壤硝酸盐同化和异化还原成铵 |
| 7.2.4 苔原土壤固氮和有机氮过程 |
| 7.3 苔原土壤氮转化微生物分类特征 |
| 7.4 苔原土壤氮转化功能基因对海洋动物活动的响应 |
| 第8章 南极苔原及湖泊氮转化速率研究 |
| 8.1 苔原土壤及湖泊沉积物物理化性质分析 |
| 8.2 南极苔原土壤及湖泊沉积物氮转化速率变化规律 |
| 8.2.1 苔原土壤氮转化速率分布规律 |
| 8.2.2 湖泊沉积物氮转化速率空间分布 |
| 8.2.3 氮转化速率之间的相关关系 |
| 8.2.4 氮转化速率与环境因子相关性 |
| 8.3 氮转化速率对环境因子的响应 |
| 第9章 主要结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 |
（3）中国海洋无脊椎动物分类学与系统演化研究进展与展望（论文提纲范文）
| 1 研究历史与现状 |
| 1.1 原生动物Protozoa |
| 1.2 多孔动物Porifera |
| 1.3 刺胞动物Cnidaria |
| 1.4 扁形动物Platyhelminthes |
| 1.5 线虫Nematoda |
| 1.6 多毛类环节动物Polychaeta、星虫Sipunculoidea、螠虫Echiuroidea、纽虫Nemertinea |
| 1.7 软体动物Mollusca |
| 1.8 节肢动物Arthropoda |
| 1.9 苔藓动物Bryozoa |
| 1.1 0 棘皮动物Echinodermata |
| 1.1 1 毛颚动物Chaetognatha |
| 1.1 2 半索动物Hemichordata |
| 1.1 3 尾索动物Urochordata |
| 1.1 4 头索动物Cephalochordata |
| 2 总结与展望 |
| 2.1 海洋生物分类学生物多样性研究领域的重要科学问题 |
| 2.2 我国海洋生物分类学发展建议 |
（4）广东省蛭态轮虫物种多样性及广布种Rotaria sordida遗传分化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 蛭态轮虫概述 |
| 1.2 基于COⅠ基因对蛭态轮虫研究的现状 |
| 1.3 蛭态轮虫的应用研究 |
| 1.4 我国蛭态轮虫的研究现状 |
| 1.5 研究目的、意义和内容 |
| 第二章 广东省蛭态轮虫物种多样性研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 蛭态轮虫的系统发育研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 蛭态轮虫广布种Rotaria sordida的遗传分化研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论、创新点与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 中国蛭态轮虫物种名录 List of bdelloid rotifers in China |
| 在校期间参与科研情况 |
| 致谢 |
（5）中国蛭态轮虫物种多样性初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 概述 |
| 1.2 蛭态轮虫形态结构和分类概况 |
| 1.2.1 蛭态轮虫形态学特征 |
| 1.2.2 蛭态轮虫物种形成过程 |
| 1.2.3 蛭态轮虫分类地位 |
| 1.2.4 蛭态轮虫系统发生学 |
| 1.3 蛭态轮虫生物学特征 |
| 1.3.1 无性生殖 |
| 1.3.2 低湿休眠 |
| 1.3.3 遗传与进化 |
| 1.3.3.1 基因组特征 |
| 1.3.3.2 横向基因转移 |
| 1.4 蛭态轮虫生态学特征 |
| 1.4.1 生境偏好 |
| 1.4.2 生物地理分布格局 |
| 1.5 中国蛭态轮虫研究概况 |
| 第二章 蛭态轮虫分类学研究 |
| 2.1 研究方法 |
| 2.1.1 样品采集与处理 |
| 2.1.1.1 采样点信息 |
| 2.1.1.2 样品野外采集 |
| 2.1.1.3 样品室内提取 |
| 2.1.1.4 扫描电镜 |
| 2.1.2 物种鉴定 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 形态学分类结果 |
| 2.2.2 重要形态学物种描述 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 蛭态轮虫生物地理分布特征研究 |
| 3.1 研究方法 |
| 3.1.1 样品采集 |
| 3.1.2 形态学物种鉴定 |
| 3.1.3 单克隆室内培养 |
| 3.1.4 DNA提取、PCR扩增及测序 |
| 3.1.5 DNA分类 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 序列组成分析 |
| 3.2.2 DNA分类 |
| 3.2.3 系统进化关系 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 DNA分类 |
| 3.3.2 蛭态轮虫生物地理分布 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 结论、创新点与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 4.3 展望 |
| 4.3.1 蛭态轮虫物种多样性分布模式 |
| 4.3.2 蛭态轮虫生物地理分布格局 |
| 4.3.3 蛭态轮虫遗传与进化 |
| 参考文献 |
| 读研期间科研情况 |
| 致谢 |
（6）飞来峰造像典型微生物病害认知与防治研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 引言 |
| 1.1 石质文物与微生物 |
| 1.1.1 概述 |
| 1.1.2 微生物腐蚀石质文物的机制 |
| 1.1.3 微生物矿化与石质文物 |
| 1.2 表征技术与石质文物保护 |
| 1.2.1 材料表征技术 |
| 1.2.2 表征技术在国内石质文物病害研究中的应用 |
| 1.2.3 表征技术在国外石质文物病害研究中的应用 |
| 1.3 微生物技术与石质文物保护 |
| 1.3.1 文物保护中的微生物技术 |
| 1.3.2 微生物技术在石质文物病害研究中的应用 |
| 1.4 石质文物微生物病害的清除与防治 |
| 1.4.1 微生物病害的物理清洗 |
| 1.4.2 微生物病害的化学防治 |
| 1.5 飞来峰造像石质文物现状 |
| 1.6 选题依据及意义 |
| 1.7 主要研究内容 |
| 2 飞来峰造像微生物病害现场调查 |
| 2.1 飞来峰造像微生物病害综述 |
| 2.2 飞来峰造像环境信息调查 |
| 2.3 典型微生物病害样品采集 |
| 3 飞来峰造像微生物病害鉴定与分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 研究对象 |
| 3.1.2 主要试剂和仪器 |
| 3.1.3 显微观察 |
| 3.1.4 微生物分离纯化 |
| 3.1.5 分子生物学检测与分析 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 微生物形态学特征 |
| 3.2.2 微生物分离与鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 飞来峰造像微生物病害种属分析 |
| 3.3.2 飞来峰造像微生物腐蚀机理推测 |
| 3.3.3 飞来峰造像微生物病害评价 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 微生物在飞来峰造像“白斑”病害中的作用 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 研究对象 |
| 4.1.2 主要试剂和仪器 |
| 4.1.3 “白斑”样品表征 |
| 4.1.4 生物矿化真菌鉴定 |
| 4.1.5 碳酸钙晶型转换分析 |
| 4.1.6 生物矿化机理研究 |
| 4.1.7 钙化真菌侵蚀碳酸钙实验 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 “白斑”性质 |
| 4.2.2 生物矿化真菌组成 |
| 4.2.3 真菌诱导产生的矿物结晶特征 |
| 4.2.4 微生物在球霰石-方解石晶形转化中的作用 |
| 4.2.5 真菌诱导碳酸钙形成的影响因素 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 “白斑”病害评估 |
| 4.3.2 真菌在诱导“白斑”形成中的作用 |
| 4.3.3 真菌诱导碳酸钙形成机理 |
| 4.3.4 真菌诱导形成的碳酸钙的特征 |
| 4.3.5 真菌诱导碳酸钙沉淀的应用前景 |
| 4.3.6 “白斑”病害成因分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 飞来峰造像微生物病害防治策略研究 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 实验对象 |
| 5.1.2 主要试剂和仪器 |
| 5.1.3 最小抑菌浓度确定 |
| 5.1.4 抗菌剂杀菌效力比较 |
| 5.1.5 微生物现场清理实验 |
| 5.1.6 环境因素对抗菌剂持久性影响 |
| 5.1.7 抗菌剂抑菌耐久性改性试验 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 微生物对抗菌剂的敏感性 |
| 5.2.2 抗菌剂的抑菌效果比较 |
| 5.2.3 飞来峰造像现场微生物防治效果评价 |
| 5.2.4 微生物防治的持久性评估 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 最佳抗菌剂的确定 |
| 5.3.2 飞来峰造像现场微生物治理效果评价 |
| 5.3.3 飞来峰造像微生物病害防治策略 |
| 5.3.4 微生物病害治理展望 |
| 5.4 本章小结 |
| 6 结论和展望 |
| 参考文献 |
| 作者简历 |
（7）14种陆生植物中DUF4228基因家族的鉴定和表达分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 DUF基因研究进展 |
| 1.1.1 DUF结构域 |
| 1.1.2 植物DUF基因在非生物胁迫方面的研究进展 |
| 1.1.3 植物DUF基因在其他方面的研究进展 |
| 1.1.4 动物及细菌中DUF基因的研究进展 |
| 1.2 基因家族鉴定 |
| 1.2.1 基因家族鉴定的方法 |
| 1.2.2 植物基因组测序研究进展 |
| 1.2.3 植物DUF基因家族的鉴定和分析 |
| 1.3 利用IQ-tree构建系统发生树 |
| 1.4 DUF4228基因家族 |
| 1.5 研究目的 |
| 1.6 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 14种陆生植物基因组数据的获得 |
| 2.2 DUF4228基因家族成员的鉴定和分析 |
| 2.3 进化分析、结构域、保守基序分析以及外显子与内含子分析 |
| 2.4 AtDUF4228家族基因在染色体上的分布以及基因复制 |
| 2.5 AtDUF4228基因启动子上顺式作用元件的分析 |
| 2.6 利用微阵列芯片数据对基因表达量进行分析 |
| 2.7 拟南芥培养和非生物胁迫处理 |
| 2.8 RNA的提取及实时荧光定量PCR(qRT-PCR) |
| 2.9 AtDUF4228蛋白相互作用的预测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 植物中DUF4228家族基因的鉴定 |
| 3.2 DUF4228家族基因的进化分析及分组 |
| 3.3 DUF4228家族成员的结构域和保守基序分析 |
| 3.4 拟南芥AtDUF4228家族基因外显子与内含子分析 |
| 3.5 拟南芥AtDUF4228家族基因在染色体上的位置和基因复制 |
| 3.6 拟南芥AtDUF4228家族基因在不同组织和不同发育阶段的表达情况 |
| 3.7 拟南芥AtDUF4228家族基因启动子上非生物胁迫相关顺式作用元件分析 |
| 3.8 非生物胁迫下,拟南芥中AtDUF4228家族基因表达分析 |
| 3.9 AtDUF4228蛋白相互作用的预测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 DUF4228家族基因数量分析 |
| 4.2 14种陆生植物结构域和保守基序分析 |
| 4.3 AtDUF4228家族基因顺式作用元件、非生物胁迫处理下表达模式及蛋白互作分析 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（8）生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 绪论 |
| 1 生物土壤结皮 |
| 1.1 生物土壤结皮的含义及演替 |
| 1.2 生物土壤结皮的生态功能 |
| 2 好氧不产氧光营养细菌 |
| 2.1 好氧不产氧光营养细菌的发现、分布及影响因素 |
| 2.2 好氧不产氧光营养细菌的细胞形态多样性 |
| 2.3 好氧不产氧光营养细菌的物种多样性 |
| 2.4 好氧不产氧光营养细菌的生态功能 |
| 3 研究的目的及意义 |
| 4 技术路线 |
| 第二章 生物上壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的分离培养与鉴定 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 试验试剂 |
| 2.1.3 仪器设备 |
| 2.1.4 培养基 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 样品采集方法 |
| 2.2.2 菌株分离、纯化、鉴定及保藏方法 |
| 2.3.3 菌株鉴定及功能基因检测 |
| 2.2.4 系统发育分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 可培养细菌群落结构 |
| 3.2 可培养好氧不产氧光营养细菌群落结构 |
| 4 讨论 |
| 4.1 生物土壤结皮中的可培养细菌群落结构 |
| 4.2 生物上壤结皮中的可培养好氧不产氧光营养细菌群落结构 |
| 5 小结 |
| 第三章 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌群落结构和多样性 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样品来源 |
| 2.1.2 试验试剂及采用的试剂盒 |
| 2.1.3 仪器设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 生物土壤结皮样品理化指标检测方法 |
| 2.2.2 生物土壤结皮采集地点气象数据 |
| 2.2.3 高通量测序及生物信息学分析 |
| 2.2.3.1 测序实验流程 |
| 2.2.3.2 生物信息分析流程 |
| 2.2.4 q-PCR测定生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的丰度 |
| 2.2.5 核心好氧不产氧光营养细菌促进生物土壤结皮形成和发育的接种验证试验 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 土壤理化性质 |
| 3.2 细菌及好氧不产氧光营养细菌的丰度 |
| 3.3 群落结构和多样性 |
| 3.3.1 测序数据深度及测序量 |
| 3.3.2 群落多样性 |
| 3.3.3 群落结构差异分析 |
| 3.3.4 群落结构 |
| 3.3.4.1 细菌群落结构 |
| 3.3.4.2 好氧不产氧光营养细菌群落结构 |
| 3.3.5 影响细菌和好氧不产氧光营养细菌群落的环境因子分析 |
| 3.4 基于16S rRNA基因的功能预测 |
| 3.4.1 COG功能分类统计 |
| 3.4.2 KEGG代谢通路分析 |
| 3.5 核心微生物组预测及分析 |
| 3.5.1 核心微生物组CoNet预测 |
| 3.5.2 核心微生物组群落与土壤理化因子的关系 |
| 3.6 核心好氧不产氧光营养细菌接种验证 |
| 3.6.1 核心好氧不产氧光营养细菌菌株选择 |
| 3.6.2 核心好氧不产氧光营养细菌菌株接种验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的数量多、种类丰富 |
| 4.2 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌群落结构受降水量和pH影响 |
| 4.3 核心好氧不产氧光营养细菌显着促进生物土壤结皮的的形成和发育 |
| 5 小结 |
| 第四章 基于微宇宙模拟实验分析好氧不产氧光营养细菌对生物土壤结皮形成和发育的影响 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 表层土壤表观和理化性质变化 |
| 3.2 三种波段光照对Microcoleus vaginatus生长的影响 |
| 3.3 主要微生物类群的丰度变化 |
| 3.4 表层土壤中好氧不产氧光营养细菌的多样性及群落结构变化 |
| 3.5 CoNet网络分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 近红外光波段促进生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌的生长 |
| 4.2 生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌的生态意义 |
| 5 小结 |
| 第五章 好氧不产氧光营养细菌菌株B3分类鉴定和CO_2固定代谢相关分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料方法 |
| 2.1 菌株B3 |
| 2.2 试验试剂、试剂条(盒)及设备 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 B3的分类鉴定 |
| 2.3.2 细菌基因组绘制和分析 |
| 2.3.3 细菌叶绿素a检测 |
| 2.3.4 转录组测定及分析 |
| 2.3.5 RubisCo酶活检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 分类鉴定 |
| 3.1.1 形态观察 |
| 3.1.2 基于16S rRNA基因的系统发育进化分析 |
| 3.1.3 最适生长条件 |
| 3.1.4 生长曲线 |
| 3.1.5 酶活力分析 |
| 3.1.6 碳源利用能力检测 |
| 3.1.7 药敏实验 |
| 3.1.8 脂肪酸组成 |
| 3.1.9 细菌叶绿素分析 |
| 3.2 光照和营养水平对B3生长的影响 |
| 3.3 基因组测序和分析 |
| 3.3.1 测序和组装 |
| 3.3.2 基因组图谱 |
| 3.3.3 基因预测及功能注释 |
| 3.3.4 基因组COG和KEGG分析 |
| 3.3.5 碳水化合物活性酶注释 |
| 3.4 B3转录组分析 |
| 3.4.1 RNA提取及质量检测 |
| 3.4.2 RNA测序、质控及相关基因表达分析 |
| 3.5 RubisCo酶活力检测 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第六章 讨论与结论 |
| 6.1 讨论 |
| 6.2 结论 |
| 6.3 不足与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（9）5株沙漠蓝藻的系统发育分析及微囊藻毒素基因同源性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 藻类概述 |
| 1.1.1 藻类定义 |
| 1.1.2 藻类的分布与应用 |
| 1.2 蓝藻概述 |
| 1.2.1 蓝藻的生物学特征 |
| 1.2.2 蓝藻的的应用 |
| 1.2.3 蓝藻的分类学研究 |
| 1.2.4 蓝藻的生长环境 |
| 1.3 沙漠藻类简述 |
| 1.3.1 沙漠藻结皮的种类组成 |
| 1.3.2 沙漠藻生物学特性 |
| 1.3.3 沙漠藻的生态作用 |
| 1.3.4 沙漠藻研究进展 |
| 1.3.5 沙漠藻的系统分类学 |
| 1.4 蓝藻水华与微囊藻毒素研究 |
| 1.4.1 产毒蓝藻及其毒素 |
| 1.4.2 微囊藻毒素概况 |
| 1.4.3 微囊藻毒素合成酶基因(mcy基因)研究进展 |
| 1.4.4 微囊藻毒素的检测方法 |
| 1.4.5 PCR技术在MC检测中的应用研究 |
| 1.5 课题来源与研究内容 |
| 1.5.1 课题来源 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 1.6 研究目的及意义 |
| 2 沙漠藻种的培养与形态学鉴定 |
| 2.1 研究材料 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 实验藻种的活化 |
| 2.2.2 藻种生长曲线的测定 |
| 2.2.3 光显微镜观察 |
| 2.2.4 扫描电镜观察 |
| 2.3 研究结果与分析 |
| 2.3.1 藻种培养结果 |
| 2.3.2 光学显微镜观察结果分析 |
| 2.3.3 扫描电镜观察结果分析 |
| 2.4 结论 |
| 3 沙漠藻种的分子生物学鉴定与系统发育分析 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 仪器设备 |
| 3.3 研究方法 |
| 3.3.1 藻种DNA的提取 |
| 3.3.2 藻种16SrDNA序列的PCR扩增 |
| 3.3.3 藻种ITS区序列的PCR扩增 |
| 3.3.4 系统发育树分析方法 |
| 3.4 研究结果 |
| 3.4.1 16Sr DNA序列的PCR扩增结果 |
| 3.4.2 16S-23S rDNA间隔ITS区序列的PCR扩增结果 |
| 3.5 结果分析 |
| 3.5.1 基于16SrDNA序列的系统发育分析 |
| 3.5.2 基于ITS区序列的系统发育分析 |
| 3.6 结论 |
| 4 沙漠蓝藻微囊藻毒素合成酶基因（mcy 基因）同源性分析 |
| 4.1 研究材料 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 微囊藻毒素基因的筛选 |
| 4.2.2 藻种基因组的提取 |
| 4.2.3 藻种各段mcy基因序列的PCR扩增 |
| 4.2.4 沙漠蓝藻种mcy基因序列系统进化分析 |
| 4.3 研究结果 |
| 4.3.1 提取藻种DNA结果 |
| 4.3.2 PCR扩增mcy基因电泳结果 |
| 4.4 结果分析 |
| 4.4.1 沙漠蓝藻mcy基因结构分析 |
| 4.4.2 沙漠蓝藻的mcy基因簇系统进化分析 |
| 4.4.3 针对mcyE基因序列的生物信息学分析 |
| 4.5 结论 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 在读期间已发表的论文 |
| 致谢 |
（10）基于Web of Science的苔藓植物研究文献计量分析（论文提纲范文）
| 1 引言 |
| 2 研究方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 论文发表量趋势分析 |
| 3.2 国家发文分析 |
| 3.3 作者发文分析 |
| 3.4 研究机构发文分析 |
| 3.5 期刊分布分析 |
| 3.6 学科分布分析 |
| 4 讨论与结论 |
四、苔藓分子生物学的一些进展（论文参考文献）
- [1]库布齐沙地生物土壤结皮中好氧甲烷氧化菌群落结构和多样性分析[D]. 郑超. 内蒙古农业大学, 2021(02)
- [2]南极苔原氮转化关键过程及其微生物驱动机制[D]. 代海涛. 中国科学技术大学, 2021(09)
- [3]中国海洋无脊椎动物分类学与系统演化研究进展与展望[J]. 李新正,寇琦,王金宝,甘志彬,杨梅,龚琳,隋吉星,马林,曲寒雪,初雁凌,曾宥维,王伟娜,张祺,董栋. 海洋科学, 2020(07)
- [4]广东省蛭态轮虫物种多样性及广布种Rotaria sordida遗传分化研究[D]. 李莹. 暨南大学, 2020(03)
- [5]中国蛭态轮虫物种多样性初步研究[D]. 曾悦. 暨南大学, 2019(03)
- [6]飞来峰造像典型微生物病害认知与防治研究[D]. 李天晓. 浙江大学, 2019(03)
- [7]14种陆生植物中DUF4228基因家族的鉴定和表达分析[D]. 牛肖翠. 内蒙古农业大学, 2019
- [8]生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究[D]. 唐凯. 内蒙古农业大学, 2019
- [9]5株沙漠蓝藻的系统发育分析及微囊藻毒素基因同源性分析[D]. 古扎丽阿依·牙生. 新疆师范大学, 2019(05)
- [10]基于Web of Science的苔藓植物研究文献计量分析[J]. 胡刚,韦锋,张忠华. 绿色科技, 2018(11)